В 90-х годах прошлого века в структуре Главного управления уголовного розыска МВД СССР было организовано Управление по борьбе с распространением наркомании, основными функциями которого стали выявление, предупреждение, пресечение и раскрытие наркопреступлений.
В декабре 1991 года в результате структурных изменений это подразделение милиции было выведено из-под юрисдикции Главного управления уголовного розыска МВД СССР и стало самостоятельной отраслевой службой. Четвертое Бюро (таково было его условное наименование) получает полномочия в области контроля над легальным оборотом наркотиков, движением прекурсоров, а также решает задачи по противодействию незаконному обороту наркотиков и их контрабанде.
Приказом МВД СССР от 06.12.1991 № 409 определена штатная численность Бюро в количестве 48 человек и его полномочия. С этой даты начинает отсчет время создания службы по борьбе с незаконным оборотом наркотиков.
Подразделения по противодействию незаконному обороту наркотиков за период своего существования претерпевали ряд преобразований:
в 1992 году на базе Бюро создано Управление по борьбе с незаконным оборотом наркотиков (УБНОН) МВД России, в регионах – самостоятельные подразделения;
Указом Президента РФ от 11 марта 2003 № 306 образован Государственный комитет Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, подразделения по противодействию незаконному обороту наркотиков в системе МВД России ликвидированы;
09.03.2004 Государственный комитет переименован в Федеральную службу Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков, которая просуществовала до 31 мая 2016 года;